La Guerra Secreta de Achtung! Cthulhu es una batalla continua que libran seis facciones surgidas de los Aliados, el Eje y los Mitos. Aunque estas seis facciones son los jugadores principales del conflicto oculto, hay implicadas muchas otras fuerzas convencionales y sobrenaturales, ya sea por accidente o por designios del destino. 

La Orden del Sol Negro, fundada por el exarca Reinhardt Weissler, está formada por grandes hechiceros del régimen nazi. Su objetivo principal es bañar la Tierra con los rayos destructores del Sol Negro, que contiene al dios atrapado Yog-Sothoth. Nachtwölfe, los Lobos Nocturnos, son un grupo rival nazi dirigido por Mina Wolff, quien cree en la soberanía de la ciencia y tecnología para impulsar el destino manifiesto alemán. Utiliza el característico Blauer Kristall de Atlantis para potenciar a sus tropas y construir Wunderwaffen (armas portentosas) con el fin de ganar la guerra. 

Se enfrentan a ellos se encuentran los intrépidos héroes de la Sección M, las tropas ocultistas del Reino Unido. Está al mando de sir Alec Towton y consiste en una mezcla de valientes agentes de campo, científicos excéntricos y un puñado de místicos poderosos. Combinan la inventiva típica de los británicos, con la improvisación y el ingenio para afrontar todo que emplean los nazis, siempre y cuando haya alguna taza de té decente a mano. Incluso antes de la entrada oficial en la guerra de los Estados Unidos, Majestic, la «Oficina del Galimatías» ya estaba ahí para echar un cable a sus aliados británicos. La formidable Sally Armitage encabeza la organización, que combina su inmenso coraje, el gran músculo económico americano y agentes psíquicos para luchar contra la amenaza nazi. 

En el resto del universo despiertan poderes sobrenaturales e inhumanos. Los profundos son una especie anfibia, oriunda de la Tierra, que vive en ciudades situadas en las profundidades del océano. Ascienden a la superficie para reproducirse con los humanos, defender su entorno submarino y prepararse para el despertar de su temible dios durmiente, Cthulhu. Entre sus enemigos se cuentan los mi-go, una especie alienígena; son seres extraños y muy inteligentes, mezcla de rasgos de insecto y hongo, que proceden de los lugares más recónditos del sistema solar. Son exploradores interestelares, científicos y conquistadores, que han venido a este planeta siguiendo un oscuro plan.